《王乐亭指要》书中以病为纲，分为时邪、咳血、吐血、淋浊等53门，计录病案972则。每病下先列所治病案，其末大多附医论。内容以内科杂病为主，间有妇人科与外科治案。每案先列病情，后载方药。书中病案，颇多连续治疗，有利于读者领会病情及治疗的变迁。