《医碥》全书共7卷，前4卷除卷一开头有部分基础理论内容外，主要阐述内科杂症的病因病机、辨证诊断及治疗方法，卷五论述四诊，最后两卷是方药。何氏可谓博览多闻。当时西学已经传入，何氏亦有所涉猎，算学、几何都曾用功。《医碥》虽然直接看不到多少有关西学的内容，但何氏受西学影响，崇尚务实、致用、不尚玄的思想风貌是显而易见的。何氏在《医碥》自序中写道：“瑶少多病失学，于圣贤大道无所得，雅不欲为浮靡之辞，以贻虚车诮。”